สถาบันวิจัยแสงซินโครตรอน (องค์การมหาชน) ได้รับการประเมินคุณธรรมและความโปร่งใสในการดำเนินงานของหน่วยงานภาครัฐ (Integrity and Transparency Assessment: ITA) ประจำปีงบประมาณ พ.ศ.2564 จากสำนักงานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (ป.ป.ช.) ระดับ AA
โดยได้รับผลประเมินที่คะแนน 96.16 เป็นคะแนนลำดับที่ 6 จาก 55 กลุ่มองค์การมหาชน และเป็นลำดับที่ 3 จาก 17 หน่วยงานในสังกัดกระทรวงการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม (อว.) ซึ่งสถาบันฯ เข้ารับการประเมินต่อเนื่องทุกปี เพื่อให้ทราบถึงสถานะและปัญหาการดำเนินงานด้านคุณธรรมและความโปร่งใสขององค์กร และนำไปปรับปรุงพัฒนาองค์กรให้มีประสิทธิภาพในการฏิบัติงานให้ดียิ่งขึ้น